Jakub Stefek w 2015 ukończył z oceną celującą studia gry na organach na Uniwersytecie Muzycznym Fryderyka Chopina w Warszawie. W ramach programu Erasmus studiował również w Kunstuniversität Graz (Austria). Występował z recitalami organowymi w Polsce, Austrii, Czechach, Niemczech i Szwecji. Brał udział w wielu mistrzowskich kursach muzycznych, prowadzonych m. in. przez M. Toporowskiego i W. Zerera. Od 2017 pracuje na Akademii Sztuki w Szczecinie, gdzie prowadzi zajęcia z organów i kameralistyki organowej. Od 2020 stale współpracuje z Gminą Żydowską w Berlinie jako organista Synagogi Pestalozzistrasse (wraz z chórem synagogi oraz I. Abramowiczem nagrał płytę z muzyką Arno Nadela). W 2021 uzyskał stopień doktora sztuk muzycznych w Akademii Muzycznej im. Karola Lipińskiego we Wrocławiu.
